微波殺菌只適用于霉菌、酵母菌、大腸桿菌等不耐熱的微生物，但對附著在食品背面，水分含量低的食品和無水分、誘導小的塑料或玻璃上的微生物，因溫度不能充分提高，效果不顯著。

微波加熱法：微波加熱法有烤爐或導管式兩種，后者應用于處理液體，液體流過斜貫于導管的玻璃管中被加熱。

無菌包裝技術：無菌包裝技術是經過殺菌、冷卻的無菌食品在無菌狀態下，充填到預先殺菌過的容器中，經過密封而能長期貯藏的包裝技術。近十年來，無菌裝罐由流體發展到固體，包裝材料由金屬罐向包裝材料推移.無菌包裝技術在歐美、日本等國迅速發展，廣泛應用于牛乳為主的乳制品，果汁、布盯肉類等加工食品，蔬菜汁、肉湯、清涼飲料和咖啡飲料、豆漿等領域。

無菌包裝優點很多：制品風味、組織色澤變化及營養成分損失和蛋白質熱變性都較少，無菌包裝的肉制品沒有脂肪析出和肉汁分離現象，能更好保持原口感和風味；無菌包裝的果汁易于保管，味道新鮮，實用方便。無菌包裝對包裝容器強度要求低，材料可用紙板、塑料、鋁等。特別是紙容器成本低，重量輕，無金屬溶出現象，用后可棄，處理簡單，美國飲用牛乳70%都用紙包裝。無菌包裝還有節約能源、適合大批量生產等優點。

無菌包裝系統包括食品的殺菌和無菌充填密封兩大部分。食品殺菌通常采用高溫短時殺菌工藝(HTST法)和超高溫瞬間殺菌(UHT)，用耐熱性塑料薄膜與鋁箔組成的復合薄膜，更能大幅度縮短殺菌時間。無菌充填包裝用的軟包裝材料殺菌一般采取紫外線殺菌、放射線殺菌及過氧化氫溶液浸漬、噴霧、熱風干燥，或用氣體殺菌劑殺菌。

國際上典型的無菌包裝裝置有美國Dole公司的無菌裝罐，用于金屬罐包裝的流體、膠體和含有固形物的食品，如多種布盯煉乳、醬狀食品、酸奶鮮奶等。無菌裝罐設備由空罐殺菌、充填、罐蓋殺菌、封罐四部分構成，空罐210℃～220℃殺菌45秒后進入無菌室時，從其下部噴射無菌水使空罐冷卻，一般采用槽流式裝罐機連續裝罐。日本的MM無菌充填裝置是將苯乙烯塑料薄膜用雙氧水殺菌后，加熱成形膜沖壓成環狀容器，自動定量充填，送出經雙氧水殺菌的蓋用鋁箔，用密封膜封口，落料膜切斷，用于布盯果醬、冰淇淋、牛乳、果汁等無菌充填。在無菌包裝過程中，除對包裝用材料、包裝食品消毒殺菌外，對車間、工作機械、空氣，整個操作都需清潔無菌，徹底實現微生物控制的生產管理和流通管理。

目前，還開發了更適用的新殺菌技術。如使罐頭在高速旋轉中用氣體火焰直接加熱的火焰滅菌法，可加速熱傳導，防止受熱不均勻，應用于罐頭食品與蒸煮袋食品效果好；還有包裝材料不必殺菌、食品處理設備簡單的液體食品殺菌的獨特方法；利用過熱蒸汽對干燥食品進行氣流式殺菌法，不會象飽和蒸汽使原料受潮，對谷物及粉粒狀食品效果更好。